一、太医院
    太医院设院使一人，左右院判各一人，掌医之政令，率其属以供医事；其属御医十有五人，吏目三十人，医事四十人，医员三十人，掌九科之法以制疾；医生二十六人，掌炙制之法以治药；咸给事内廷，供吏发焉。医士员额，旧历自御医十员而下，有医士四十名，医生二十明，切造医生二十名；顺治十八年，题准裁医二十人，医生十名；康熙九年，乃复旧额；十四年，复裁医士二十人，医生十名，切造医生十名。二十年，题准添切造医生5名；四十七年，太医院设有御医吏目等一百零五名，每日各处该班需用一百一十名，差多人少，不敷应用，特添二十名，五十二年，裁御医二员；雍正九年，题准乃复御医十员，旧额医士二十名，医生十名；继将医生裁去，增加医士二十名，共医士四十名。
    本院官士习业，旧分十一科；御医、吏目，医士、医生各专一科，曰大方脉，小方脉，伤寒科，妇人科，肠痔针灸科，眼科，口齿科，咽喉科；今痘诊归入小方脉，咽喉口齿共为一科，共设九科。
    凡升转院使员缺，由左圆判升补；左院判员缺，由右院判升补；右院判员缺，由御医升补；御医员缺，由吏目升补，吏目员缺，由医士升补；欲有御医以下缺出，本院堂官将内值勤劳者，申送礼部转自吏部题授；如内值补完，方将外直应升各官，按俸开列申送；其各官员缺有俸旨特用者，尊旨补授；凡吏目缺出，于医士内考其方脉精通，品端劳著者，申送礼部转自咨吏部题；医士缺出，于医生内考取，申部顶补；医生缺出，于初进医生内考取，申部顶补；其初进医生，必查其品行端谨，通晓医理，并取以本院宫士保结，方准入院。
    康熙四十七年，因差多人少，不敷遣用，特于直省民医及举供生监有职衔人内，择精通医理情愿效力者，酌添名额；布衣著赴该拣选补用；如效力年久，历有成效，除布衣与医士医生照常补授外，其学贡生监有职衔者，该院将应用情由开明具题，移送该部，于伊等应用缺，准先补用。
    凡考试医士医生，本院堂官须于《素问》、《难经》、《本草》、《脉诀》、及本科紧要方药内出题，择其学术精通者。顶补粮缺；如习业荒疏，历岁年久，不准顶补，仍发教习厅肆业。
    凡内教习，于本院官内选取学识素著者，令居东药房，教授太监医学，由光禄寺给厨艺供膳。
    凡外教习，本院设教习厅，于御医吏目内，择品学兼优者充补，有进院业医者，及医官亲男弟职，俱送教习厅肆业。
    康熙二十三年，题准遴选本院官二员，在外衙门教习，与首领库官轮班直宿，以应传差急务。
    雍正元年，令直省巡抚查所属医生详加考试，果有《内经》、《本草纲目》、《伤寒论》三书之学识，指明提请，授为医学官教员，准其食俸三年；如果勤慎端方，贡人太医院，授为御医；其员缺即于本省学习人内拣选补授；凡所属州县卫，有人民习医者，令其访明为法，即将三书教授；有精通医理者，呈报巡抚，给咨赴太医院考试；上者授以吏目、医士、官职，其有年力不能赴京者，留为本省教授待缺。
    凡随侍圣驾行幸，有奉旨特用者，有按班轮派者，俱给夫马车辆，装载药材，并给账房需用等物，与申礼部转咨各部给法。雍正二年，因太医院官先年随侍行幸过于清苦，特尊旨议定，以后凡随行出外，堂官一员，给账房一架，载行李车一辆，马四匹，每日盘费银三钱，管士等每人马三匹，每日盘费银二钱；三人共给帐房一架，载行李车一辆，披甲人二名（披甲人即跟车看守马匹车辆者）；若四人，照依前例；若五人，增账房一架，车一辆，披甲人二名。
    凡诸王府公主额附及文武内大臣请医视疾，本院（即太医院）奉旨差官前往，其治疗可否，皆具本覆奏。外藩公主额附及台吉大臣有疾请医，亦奉旨差官前往，申部给驿马皮箱绳毡油罩等闲；其药材于内要防支领，或于药库给法，回日销算。
    凡军前需医，奉旨差官医治，由礼部选派二员，驰驿前往，并遣兵部官一员送至军前；凡文武会试，定例取医士一名，入场供事；至期，本院遴选通晓医理，熟谙方脉者，申送礼部委用；如有需用药材，开单量给药价；事毕，与各执事官一同赴宴。
    顺治八年，定设刑部应差，带医士一名，每月给发药价银米，效劳满六年， 令回院，升授吏目；十一年，定设督抚应差，带医士一名，与刑部通；其所差医士，如本院需用，急申明取回，该缺另选申送；    康熙二十三年，定刑部添取医士一名，医治病犯，照例给发药价银米。六年差满，咨授吏目。
    康熙三十四年，谕黑龙江默尔根地方紧要，著从京城遣良医二人前往，一年更易一次，是为关外差遣之使，后至四室五停止。
    凡本院友保和效力，勤劳粛著者，或加衔，或给赏，俱出自特恩。
    凡御医吏自医士等员，老疾不能行走着，呈院验实，题准告退；病愈，仍赴院具呈，准其原缺补用；若推诿托故，不行具呈，在外行医者，或经该院查出，或被旁人首告，交与该部严加议处；若非年老有疾，该院徇情告退者，该院判一并议。
    雍正元间，谕良医须得年老经历多者；但伊等惮于远行，思后果有精通毅力，疗疾有效者，后将伊等子弟授以经历吏目微职，以示鼓励，住大学士等议奏；尊旨议定，令九卿暨直省督抚各举所知之年老医生，该地方官咨以路费，护送来京，报明礼部，转交太医院试用；果有医理精通，疗效有效，即奏明照例在太医院授职，并准其报伊子一人；如保现任官者，一应升之缺即用，候补候选者，以应得之缺即用；贡监生员，以经历即用；布衣以吏目典史即用。
    太医院服色，定例凡御医吏目，许服六品頂带，仍照原品给奉；康熙四十年正月，奉旨准太医院夫斯皮臊鞍跕等项，悉照御前使从例；其医士人等，准照举监生员服式穿用；雍正元年，题准医士照钦天监天文生例，服从九品頂带，每月给钱粮银一两五钱，公费饭银一两五钱，米九斗。
    顺治元年，定祭先医之神之礼，每年春来，祀先医于景惠殿，在太医院之佐门，曰咸济；左右有更衣室，覆以甄瓦，门楹丹鎪，梁栋五彩，正殿内，太昊伏羲氏居中，炎帝神农氏居左，黄帝轩辕氏居右；东配以勾芒、风后，西配以祝融、力牧，东庑则已僦贷季、岐伯、鬼臾区、伯高、俞跗为一案，少俞、少师、桐君、雷公、马师皇为一案，伊尹、扁鹊、仓公、张机为一案，西庑则以华佗、王叔和、皇甫谧、葛洪、巢元方为一案，孙思邈、韦慈藏、王冰、钱乙、朱肱为一案，李杲、刘完素、张元素、朱彦修为一案；正殿以礼部尚书一人主祭，两庑以太医院堂百官二人分献，先期由礼部题请遣官行礼（今由太常寺）；雍正十二年，令太医院御官吏目等官，咸斋戒陪祀，其祝文大致曰：“古昔圣人，德泽深弘，创制医学，拯济斯世，人寿庶民，兹当某时，仅以牲醴祭祀，惟神慈惠，蠲除疾疚，笃佑朕躬，致和天下”，云云。

    二、御药房
    侍直內府，设东西御药房二所，西药房归院使、院判及御医、吏目，分班轮直，东药房归御医、吏目及医士，分班轮直。
    凡烹调御药，本院官请派后，开方具本奏明，同内臣监视每二服合为一服，候熟分贮二器，一器由本院官及内臣次第尝服，一器进御前，若将方奏明，交与内药房按方烹调者，归内药房办理。
    顺治十年置药房，属太医院，十八年裁，康熙六年复设，仍属太医院；十年，定药房不属太医院，令设员管领。
    凡解取药料鲜竹，均归户部办理，题定每年归河南解鲜竹三百株，有本部剳付太医院，烧取竹沥。
    凡内药房及太医院官士，差往口外采取药味等项，太医院需预期开单送部，其有应买给者，行文移取。
    凡药材本折钱粮，旧例各直省出产药材地方，每年解纳本院生药库收贮，委官验辩优劣，其出入皆由礼部；
    顺治十六年，定分归本院职掌；十七年。题准选本院官一员兼摄库务，并设库役十名巡逻看守；十八年，定生药库复归礼部职掌；康熙三年，定钱粮总归户部，其直省岁解药材本色，并这色钱粮，俱由户部收贮附库。
    凡遇内药房取用药材，由本院申呈礼都转咨户部，于库内查取；如有缺少，给价采买，俱以生药材交进，由内药房医生切造炮制。